BioWorks简化了与ETD数据的结合使用，提高了软件性能。BioWorks3.3.1现在包括：n  为快速方便地查找到ETD数据而采用了ETD预处理n  引入Mascot数据，并把SEQUEST和Mascot两种数据结果作比较n 为定量分析做PepQuann  SEQUEST中采用基于概率判定得分的算法n  更多的查找前及查找后筛选程序n 汇报功能增强

SEQUEST是一种灵敏度非常高的查找算法，它能够确保在查找过程中没有重要的蛋白质成分被遗漏。通过把实验得到的串连质谱（MS/MS）数据与标准数据库中的蛋白质和DNA数据作比较，SEQUEST自动地识别出各种蛋白质。SEQUEST根据被分析的多肽的质谱信息，测定出氨基酸序列，从而确定蛋白质的组成。对蛋白质混合物的某单个谱图，以及多肽的整幅LC/MS/MS液相质谱图，SEQUEST都能够自动地分析。SEQUEST独有的“互相关”鉴别算法能够提取有用信息，正确地识别蛋白质，即使物质的浓度很低产生的信号很微弱也可以。这一点在蛋白质样品量少而信噪比又低的时候非常有用。SEQUEST是为在由LTQ Orbitrap和LTQ FT组合系统中对多肽和蛋白质进行精确的质谱分析而设计的。BioWorks3.3.1中的SEQUEST具有准确的预报功能和精确的质量误差极限，能够更快更准确地测定多肽的组成，可靠性也更高。    

我们这种基于概率判定得分的算法更严谨，灵敏度高于所有传统的SEQUEST。该算法也使得BioWorks能区分和排序SEQUEST采样结果，使用者不用担心假阳性结果的产生，可以灵活地获取得到的所有结果。       

BioWorks3.3.1是特别为使用了ETD的Thermo Scientific LTQ XL设计的。由于BioWorks拥有ETD前处理功能，用户们可以处理由不同蛋白酶产生的多肽，同时确信SEQUEST能够快速，简单，可靠地处理数据。       

BioWorks3.3.1还支持用户在一轮SEQUEST查找结束后，把Mascot结果输入到BioWorks表格。这样可以方便用户比较这两种查找算法的结果，也很容易输出数据。         PepQuan是BioWorks定量分析的特色模块。在对各种蛋白质和多肽的丰度做快速的半定量分析时，PepQuan结合PQD或HCD可以进行iTRAQ分析，还可进行SILAC分析，ICAT分析以及面积/高度计算。其中，基于质谱的算法与Xcalibur软件中的ICIS峰查找功能结合了起来。BioWorks3.3.1中的Quan View还能够更好地查看和输出定量分析的结果。

BioWorks3.3.1支持用户创建一个统一格式的查找结果文件(.SRF)，但用户也可以选择传统的SEQUEST DTA 和 OUT文件格式。新的SRF文件是一种独立的二进制文件，所有信息可以都储存于一个独立的文件，从而简化并加快了数据的存取。这种文件格式，再加上软件里的其他一些更新，使得SEQUEST的运行速度显著加快。

BioWorks3.3.1的结果排布使用户能够更详细地查看对蛋白质和多肽的分析结果。软件具有从列表中筛选，分类，合并以及删除蛋白质的功能，互动性更强。筛选功能包括查找前筛选和查找后筛选。查找前筛选可以去除查找过程中不需要的谱图，当蛋白质和多肽数量多时减少查找时间，而查找后筛选可以让使用者只关注自己感兴趣的蛋白质。Display Ions的功能也被改进，具有更好的清晰度和缩放性。

BioWorks不仅能对单个SEQUEST查找结果做出SEQUEST 摘要，还能在查看多个SEQUEST查找结果时给出MultiConsensus报告，或者在比较两种不同查找方法的差异时给出液相运行和蛋白质概况比较。             BioWorks3.3.1设计了更加简便的数据输出和记录模式。BioWorks里的谱图和表格能够快速简便地转移到Microsoft Office文件里面，方便用户提交报告，投入应用和其他交流。BioWorks3.3.1里的Protein Report，可从查找结果中轻松地打印数据，还可把适当的信息创建为一个PDF文档。从屏幕上获取数据并输入进一个文档，这件事从来没有如此的简单过。

BioWorks3.3.1软件还具有下列特点：n 与HUPO MzData格式兼容n 准确的质谱SEQUEST查找功能具有新特点n 数据库反向查找n 蛋白质和多肽比较功能n 优化的SEQUEST批量查找n 还有更多…